// 这个脚本用C++重写了cghFLasso函数
// 目的是在BerryCNV中可以更快的运行
// 函数的参数是固定的,没有任何拓展功能
// 完全是根据BerryCNV中的用途重新编写的
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
List cghFLasso(NumericVector data, IntegerVector position, double FDR)
{
  data = as<NumericMatrix>(data);
  //int ncol = data.ncol();
  nucposi = position[(seq_along(data)-1)];
  IntegerVector chromosome = rep(1,data.nrow());

  LogicalVector NaData = !is.na(data);
  NumericVector DataTrimNa = data[NaData];
  IntegerVector chrom = chromosome[NaData];
  NumericVector FL_beta = clone(DataTrimNa);
  
  // 调用了cghFLasso包中的CGH.fused.lasso.one.fast函数
  FL_beta = cghFLasso.fast(DataTrimNa);
  

}

NumericVector cghFLasso.fast(NumericVector data)
{
  :
}
